Першая каталіцкая супольнасць у Ваверцы пачала існаваць у 1413 годзе. Варверская парафія ў тыя часы мела тытул Святога Духа; у той жа час быў пабудаваны першы драўляны касцёл.
Гісторыя сучаснага мураванага касцёла сыходзіць да 1840 годзе, калі распачалася ягоная будова. Фундатарам храма быў шляхціц Самуэль Кастравіцкі, які валодаў у свой час суседнімі маёнткамі Кавалі, Паперня і Касцянёва.
Падчас Другой Сусьветнай вайны касцёл быў моцна пашкоджаны і патрабаваў грунтоўнага рэмонту, які і адбыўся ў 1920-х – 1930-х гадах. Падчас рэканструкцыі адбылася перабудова храма, былі дабудаваныя дзве вежы, павялічаны агульны аб’ём. У другой палове 1930-х у касцёле быў усталяваны арган, які захаваўся да нашых часоў.
Часы камунізму не абмінулі парафію і касцёл ксёндз Севярын Янкоўскі, пробашч парафіі з 1939 года, у 1948 – 1954 гадах знаходзіўся ў лагеры. Пасля вызвалення прыняў парафію ў гадах 1955 – 1958. З 1958 па 1975 год у парафіі не было святара. У гэты цяжкі час мясцовыя ўлады прынялі рашэнне перарабіць храм у канюшню, а пазней – у склад для штучных угнаенняў.
Парафіяне выратавалі храм, плацячы падаткі. Прадстаўнікі парафіяльнага камітэта ездзілі ў Маскву, каб не зачынялі касцёла. З 1975 парафія зноў стала пад душпастырскай апекай, а з 1983 з’явіўся пастаянны святар.
З 1995 года і па нашыя часы парафіяй апякуюцца святары з Ордэна Рэгулярных Латэранскіх канонікаў. Касцёл функцыянуе, рэгулярна праводяцца набажэнствы. У канцы 1990-х – пачатку 2000-х былі праведзеныя аднаўлечныя працы ў інтэр’ерах, усталяваныя новыя каляровыя вітражы.
Галоўны алтар выкананы з дуба ў 1991 годзе. Алтар падзелены калонамі, паміж якімі змешчаны дзве фігуры – Святы Юда Тадэвуш і Святы Тамаш. У цэнтры – абраз Перамянення Пана, выкананы ў той жа час, што і алтар. У 2005 годзе галоўны алтар і рама, у якой знаходзіцца абраз Перамянення Пана, былі пазалочаны.
Штогод у Ваверскай парафіі ў канцы жніўня – пачатку верасня адзначаюцца Дажынкі – як падзяка Богу, за ўраджай. Імпрэза заўсёды збірае вялікую колькасць людзей сярод якіх ня толькі парафіяне, але і госьці.
Адрэс касцёла: Гродзенская вобласць, Лідскі раён, аг. Ваверка, вул. Цэнтральная, 4